1930年東南大學由第四中山大學改名為中央大學后，地學系也分成地理學系和地質學系，地理學系設地理、氣象兩個專業。 　　
1945年氣象專業獨立成系。  南京大學地理與海洋科學學院1949年南京解放，改為南京大學地理系。 　　
1952年院系調整，原浙江大學地理系（地質地理系）、四川大學地理系和金陵女子大學地理系部分師生并入南京大學地理系。1954年在國內率先成立自然地理學和經濟地理學專業。1960年代后，又先后率先成立地圖學、陸地水文、地貌學與第四紀地質學專業。1987年易名為大地海洋科學系，設有經濟地理與城鄉區域規劃（城市規劃）、地圖學（地理信息系統）、自然資源（陸地水文）、地貌與第四紀地質學專業。1995年易名為城市與資源學系，設經濟地理與城鄉區域規劃（城市規劃）、地理信息系統與地圖學、資源環境區劃與管理（土地管理與房地產開發）、旅游規劃與管理、地貌與第四紀地質等專業。 　　

2006年4月根據學科發展的需要，南京大學批準成立地理與海洋科學學院，下設城市與區域規劃系、國土資源與旅游系、地理信息科學系、海岸海洋科學系四個系。
師資力量，學院師資力量雄厚，現有在職教職工121人，其中中科院院士2人，教授25人（其中博導23人），副教授32人，高級工程師5人，在站博士后6人。在校本科生584人，博士生142人，碩士生372人。